作为基因组DNA的直接产物，RNA对生命活动有着至关重要的意义，是生命活动的又一执行者：1、参与蛋白质的合成；2、参与转录后修饰和DNA修复；3、参与基因表达调控等。对于一种特定的RNA（如，lncRNA，mRNA，circRNA，microRNA，tRF&tiRNAs等），往往具有与之对应的相互作用蛋白共同执行特定的生理功能，以lncRNA为例，近年来，lncRNAs在基因表达调控方面的重要功能越来越被人们所关注，但它们的具体功能还有待阐明。LncRNA可能通过4种作用机制参与基因调控：Decoy，作为诱饵分子，替代蛋白与DNA的相互作用；Scaffold，作为骨架分子，为蛋白复合体提供空间支撑作用；Guide，作为引导分子，介导蛋白-蛋白、蛋白DNA/RNA相互识别；Enhancer，作为增强子类似组件，促进基因表达[1] 。运用RNA亲和纯化技术（eg. ChIRP-MS，RAP-MS[2]），构建特定RNA相互作用蛋白谱，对阐明RNA的生理病理机制至关重要。

   图1. lncRNA作用机制模型。

根据目标RNA的尺寸大小，可采用两种相似的技术策略：
       长链RNA：例如，lncRNA、circRNA、mRNA等常采用RNA Antisense Purification – Mass Spectrometry策略。生物样品在非变性条件下裂解和UV交联，或者不裂解直接在原位进行UV交联，随后用biotin标记的RNA anti-sense进行杂交（Control组采用非特异anti-sense或预先用RNase处理）。
       短链RNA：例如，micoRNA、tRF&tiRNA等通常采用RNA Affinity Purification – Mass Spectrometry策略。体外合成biotin标记的目标RNA（Control组采用scramble RNA），加入到非变性裂解的生物样品中，孵育替换内源的RNA。

       随后，通过固定化avidin对biotin进行pull-down，得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，与目标RNA特异性相互作用的蛋白（A, B, C, D）在两组间具有显著差异，非特异相互作用蛋白（X）在两组间比例接近1：1。据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。

图2.RAP-MS技术原理和实验流程。

图3. RIP部分实验结果