全基因组甲基化谱

1. 甲基化峰识别

       通过MACS软件，可以利用与基因组匹配的read来识别甲基化峰，常用的MACS筛选参数：q-value≤ 10-4 。

* mRNA相关的甲基化峰识别

* lncRNA相关的甲基化峰识别

* Small_ncRNA相关的甲基化峰识别

上表： 全基因组甲基化谱数据列表

差异甲基化区域

1. 识别差异甲基化基因

       通过diffReps软件，Aksomics对不同样品或样品组间的基因启动子区域的差异甲基化进行了分析，常用的diffReps筛选参数是：log2FC≥1, p-value≤10-4 。为了对甲基化水平进行定量分析，处理组和对照组的样品分别通过相应的input样品进行标准化。根据处理组样品甲基化水平相对对照组的上下调情况，这些在启动子区域差异甲基化的基因被分成了“高甲基化”（hyper-methylation）和“去甲基化”（hypo-methylation）基因。

* mRNA相关的启动子区域差异甲基化基因列表

* lncRNA相关的启动子区域差异甲基化基因列表

* Small_ncRNA相关的启动子区域差异甲基化基因列表

上表： 全基因组启动子区域差异甲基化数据列表

2. Enhancer & Super-enhancer相关的基因间差异甲基化列表

*Enhancer 相关的基因间差异甲基化基因列表

*Super-Enhancer 相关的基因间差异甲基化基因列表

上表：增强子和超级增强子相关的基因间差异羟甲基化列表

3. 差异甲基化基因的聚类分析  

       聚类分析对于理解差异甲基化基因的功能、调控是十分有帮助的。具有相似甲基化模式的样品能够被聚类在一起，以揭示难以用传统方法鉴定的潜在信息。

*图释：DMR区域聚类分析应用实例。AML病人按照血清中2-羟基戊二酸的含量分成2-HG高和2-HG正常两组。分离病人早期造血干细胞，检测DNA甲基化图谱，筛选组间差异甲基化的基因进行聚类分析。聚类结果表明两类病人呈现不同的甲基化特征。

4. 差异甲基化基因的GO分析

       为了方便客户了解启动子差异甲基化基因的功能，Aksomics还分别提供了去甲基化基因和超甲基化基因的GO分析。

5. 差异甲基化基因的Pathway分析

可视化

       Aksomics提供WIG格式的MeDIP-Seq甲基化谱数据，可以通过UCSC浏览器或IGB浏览器进行可视化。通过可视化图，客户可以直观的了解具体区域或基因的甲基化情况，以及样品间的差异甲基化状况。