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m6A测序

m6A测序

2023-12-26 14:14

m6A测序

m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。



图1:m6A甲基化和去甲基化示意图


       目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。


1.m6A甲基化峰分析


  

表1:m6A甲基化谱数据列表


2.m6A甲基化峰注释
       利用最新的RefSeq数据库,对peak所在位置进行注释,统计不同转录本区域出现peaks的次数。

 

图3:m6A甲基化峰分布图


3. m6A甲基化峰的可视化

       m6A甲基化测序结果中的wig文件能够上传到基因组浏览器中,以便进行m6A信号区域的可视化。

图4:可视化分析



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